عناصر مشابهة
إيجاد العلاقة بين ثوابت سرعة التحلل البيولوجي وبعض الصفات الفيزياوية المحسوبة نظريا لعدد من المركبات الأروماتية الهيدروكربونية متعددة الحلقات المسببة للسرطان
| العنوان بلغة أخرى: | Finding the Relationship between the Biological Dagradtion Rate Constants and some of the Calculated Physical Properties of a Number of Carcinogenic Poly Aromatic Hydrocarbons |
|---|---|
| المصدر: | مجلة التربية والعلم |
| الناشر: |
جامعة الموصل - كلية التربية
|
| المؤلف الرئيسي: | |
| مؤلفين آخرين: | |
| المجلد/العدد: | مج28, ع3 |
| محكمة: | نعم |
| الدولة: | العراق |
| التاريخ الميلادي: | 2019 |
| الصفحات: | 17 - 29 |
| DOI: | 10.33899/edusj.2019.162976 |
| ISSN: | 1812-125X |
| رقم MD: | 1201742 |
| نوع المحتوى: | بحوث ومقالات |
| اللغة: | Arabic |
| قواعد المعلومات: | EduSearch |
| مواضيع: | |
| رابط المحتوى: |
| المستخلص: | This study involves the theoretical calculation of binding energy (the free energy ΔG°) of eleven of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) compounds with catechol 1,2-dioxygenase enzyme from the gram-positive Rhodococcus opacus (3HGI) enzyme that is used for degrading these types of compounds and also identifies the values of binding energy that compactable with constant values of biological degradation rate. It is noted that binding energy inversely proportional with rate constants and binding energy (R=0.951), as the binding energy with enzyme are increased, the degradation rate are decreased. The study observes that binding energy values were ranging between ([-5.051] - [-7.12] Kcal/mol) whereas values of root mean squared deviation (RMSD) were ranging between (1.12-1.71A°) by which accurate results have been confirmed depending on previous studies. The study also determines the amino acids that surround the compounds, which are usually blinded by the hydrogen bond or hydrophobic interactions types n-n. Finally, the study obtains a three – dimensional shape of compound's binding with enzyme of its more stable shape. Also obtains the shapes of distribution of the electronic cloud on the compound and amino acids that are surrounding them in which getting locations around the studied compound's molecule depending on their features of an amino acid (acidity – basic – hydrophobic). MOE (Molecular Operating Environment) is used for this step of calculation. تضمنت هذه الدراسة حساب طاقة الارتباط (الطاقة الحرة) لأحد عشر مركبا من المركبات الهيدروكربونية متعددة الحلقات مع أنزيم كاتيكول 2,1-ثنائي أوكسجنيز 3HGI الذي يعد أحد الأنزيمات المحللة لهذا النوع من المركبات والحصول على نتائج لقيم طاقة الارتباط تتوافق مع قيم ثوابت سرع التحلل الحيوي إذ وجد بأن طاقة الارتباط تتناسب عكسياً مع ثوابت السرعة وبمعامل ارتباط (0.951R=) إذ إنه بزيادة طاقة الارتباط مع الأنزيم تقل سرعة التحلل. يلاحظ إن قيم طاقة الارتباط تتراوح بين (-5.051 Kcal/mol) - (-7.12 Kcal/mol) في حين إن قيم معدل الجذر التربيعي للانحراف القياسي RMSD تتراوح بين Aº)1.71-1.12) والتي من خلالها أثبتت دقة النتائج استنادا إلى دراسات سابقة وتم أيضا تحديد الأحماض الأمينية التي تحيط بالمركب والتي عادة ما ترتبط به بأواصر هيدروجينية أو تداخلات هيدروفوبية من نوع n-n. وفي النهاية تم الحصول على الشكل ثلاثي الأبعاد لارتباط المركبات مع الأنزيم بهيئتها الأكثر استقرارا وكذلك الحصول على أشكال توزيع السحابة الإلكترونية على المركبات والأحماض الأمينية المحيطة بها والتي تأخذ مواقعا حول جزيئة المركب المدروس استنادا إلى صفاتها كأحماض أمينية حامضية، قاعدية، هيدروفوبية (قطبية أو غير قطبية). واستعمل في هذه المرحلة من الحسابات برنامج Molecular Operating MOE ENVIROMENT)). |
|---|
